Os Núcleos de Apoio à Pesquisa foram criados em 1990, durante a primeira gestão da Pró-Reitoria de Pesquisa, como forma de promover maior comunicação e integração entre as Unidades USP e diversas áreas do conhecimento, reforçando trabalhos de pesquisa conjuntos, a interdisciplinaridade e a transdisciplinaridade.
A Resolução nº 3.657, de 15 de fevereiro de 1990, estabelece as normas e define os Núcleos de Apoio à Pesquisa (NAPs) como órgãos de integração da USP, instituídos com o objetivo de reunir especialistas de uma ou mais Unidades e órgãos em torno de programas de pesquisa de caráter interdisciplinar e/ou de apoio instrumental à pesquisa.
Fonte: http://prp.usp.br/naps/
NAPs da FFLCH
| Sigla | Nome | Coordenador |
| CERU | Centro de Estudos Rurais e Urbanos | Prof. Dr. Mario Antonio Eufrasio |
| CEstA | Centro de Estudos Ameríndios | Profa. Dra. Marta Rosa Amoroso |
| NAPCG | Núcleo de Crítica Genética | Prof. Dr.Philippe Leon Marie Ghislain Willemart - APOSENTADO |
| Diversitas | Núcleo de Estudos das Diversidades, Intolerâncias e dos Conflitos | Prof. Dr.Sérgio Bairon Blanco Sant'Anna |
| Ludens | Núcleo Interdisciplinar de Pesquisas sobre Futebol e Modalidades Lúdicas | Prof. Dr.Flavio de Campos |
| BrasilÁfrica | NAP BrasilÁfrica Núcleo de Apoio à Pesquisa Brasil África | Prof. Dr. Paulo Daniel Elias Farah |
| NEHiLP | Núcleo de Pesquisa em Etimologia e História da Língua Portuguesa | Profa. Dra.Vanessa Martins do Monte |
| NEV-USP | Núcleo de Estudos da Violência | Prof. Dr. Sérgio França Adorno de Abreu |
| NUPPs | Núcleo de Pesquisa de Políticas Públicas | Profa. Dra. Elizabeth Balbachevsky |
| NUPRI | Núcleo de Pesquisas em Relações Internacionais | Prof. Dr. Rafael Antonio Duarte Villa |