A Comissão de Pesquisa e Inovação da FFLCH, criada em 1989 a partir da Resolução CoPq N.º 3576/89 da Pró-Reitoria de Pesquisa, é o órgão responsável por coordenar as atividades de pesquisa na Faculdade. Tem como responsabilidades primeiras a valorização, incentivo, apoio e fomento à pesquisa, assim como a coordenação e acompanhamento dos programas voltados à graduação (pré-iniciação e iniciação científica) e pós-doutorado (com ou sem bolsa). Acompanha também o programa de pesquisadores colaboradores. Cabe ainda à Comissão de Pesquisa e Inovação a organização e realização do Simpósio Internacional de Iniciação Científica (SIICUSP).